Kasus pidana Kerusuhan 27 Juli 1996 hingga saat ini masih ditangani oleh Penyidik Koneksitas. Pengembalian perkara dari Kejaksaan ke Penyidik Koneksitas yang dilakukan beberapa waktu lalu menandakan masih adanya hal-hal yang perlu dilengkapi sebelum pelimpahan ke prapenuntutan.

"Dua pekan lalu saya cek dengan Kajati DKI Jakarta, berkas kasusnya masih di tangan penyidik Koneksitas," kata Basrief Arief di Jakarta, Kamis.

Disinggung apakah Penyidik Koneksitas mengalami kendala dalam penyidikan kasus tersebut, Basrief mengatakan, kemungkinan besar berkas tersebut belum lengkap. "Belum sempurna untuk dilimpahkan ke penuntutan oleh karena itu kita kembalikan ke penyidik koneksitas untuk dilengkapi," demikian penjelasan Wakil Jaksa Agung.

Pada peringatan Satu Dasawarsa Kerusuhan 27 Juli, 30 orang yang termasuk dalam Persatuan Korban 27 Juli 1996 menuntut penuntasan penanganan tragedi tersebut secara serius sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku. Para korban juga menyerukan untuk menghentikan politisasi kasus kerusuhan 27 Juli 1996 itu.

Pengadilan Koneksitas yang digelar pada era Presiden Megawati Soekarnoputri hanya mampu membuktikan seorang buruh bernama Jonathan Marpaung yang terbukti mengerahkan massa dan melempar batu ke Kantor PDI di Jalan Diponegoro No. 58, Jakarta Pusat.

Jonathan dihukum penjara dua bulan 10 hari, sementara dua perwira militer yang diadili, Kol CZI Budi Purnama (mantan Komandan Detasemen Intel Kodam Jaya) dan Letnan Satu (Inf) Suharto (mantan Komandan Kompi C Detasemen Intel Kodam Jaya) divonis bebas.

Sebelumnya, Penyidik Koneksitas membuat sejumlah berkas perkara masing-masing satu berkas atas nama Zaky Anwar Makarim (saat itu Direktur Badan Intelijen ABRI atau BIA) dan Samsiar Wangsa Miaja (saat itu perwira diperbantukan A1 BIA). Berkas kedua atas nama tersangka Suryadi (saat itu Ketua PDI). Sementara berkas ketiga atas nama M. Rasyid dan Edi Kusworo (pada saat itu tokoh pemuda dan tokoh masyarakat) serta atas nama HJ. Pratomo Punto Dwito (saat itu berprofesi sebagai wartawan).

Sementara Sunaryo yang saat itu menjabat Komandan Kompi Brimop Polda Metro Jaya diberkas dalam satu berkas terpisah seperti halnya Sutiyoso yang menjabat sebagai Panglima Kodam Jaya saat terjadinya kerusuhan tersebut.