Polemik ajaran Ahmadiyah di Indonesia menjadi jelas setelah pemerintah mengeluarkan penjelasan bahwa ajaran Ahmadiyah dilarang karena sesat. Penjelasan tersebut dikeluarkan oleh Menteri Agama (Menag) M. Maftuh Basyuni setelah menghadap Presiden. Menag kembali mengeluarkan larangan setelah terjadi penyerangan terhadap kantor pusat Ahmadiyah di Bogor.

Pelarangan tersebut menurut Menag tidak perlu dengan mengeluarkan larangan baru karena sudah diatur oleh surat edaran Depag tahun 1984. "Fatwanya bahwa ajarannya sesat...O iya, kita tetap melarang. Kita sudah ada fatwa, untuk apa dikeluarkan fatwa lagi," jelas Maftuh.

Tanggal 20 September 1984 Depag telah mengeluarkan surat edaran yang ditujukan kepada kantor-kantor wilayah Departemen Agama, khususnya kepala bidang penerangan Agama Islam di seluruh Indonesia. Isinya, antara lain menyatakan aliran-aliran Ahmadiyah sesat karena aliran tersebut mempercayai Mirza Ghulam Ahmad sebagai Nabi.

Surat edaran tersebut berisi antar lain, "Pengkajian terhadap aliran-aliran Ahmadiyah menghasilkan bahwa aliran Ahmadiyah Qadiyani dianggap menyimpang dari Islam karena mempercayai Mirza Ghulam Ahmad sebagai Nabi, sehingga mereka percaya Nabi Muhammad bukan Nabi terakhir."

Selain itu dalam edaran tersebut juga menyebutkan bahwa Departemen Agama melarang jemaat Ahmadiyah di Indonesia menyebarkan pahamnya. "...perlu dijaga agar kegiatan Jemaat Ahmadiyah Indonesia tidak menyebarluaskan pahamnya di luar pemeluknya agar tidak menimbulkan keresahan masyarakat beragama dan mengganggu kerukunan kehidupan beragama." Demikian butir-butir penjelasan dari surat edaran yang ditandatangani Dirjen Bimas Islam dan Urusan Haji saat itu, A. Qadir Basalamah.

Dalam surat edaran itu, Depag juga menugaskan agar Majelis Ulama Indonesia, Majelis Ulama Daerah Tingkat I, Daerah Tingkat II, dan para ulama serta da’i di Seluruh Indonesia, untuk menjelaskan kepada masyarakat tentang sesatnya Jemaat Ahmadiyah Qadiyan.

Walau Indonesia menghargai dan memberi kebebasan kepada rakyatnya untuk menganut sebuah agama, namun tetap saja pemerintah khususnya Departemen Agama harus arif menyikapi hal tersebut. Bila ajaran Ahmadiyah tidak bertentangan atau sesat dari ajaran Islam sepertinya rakyat Indonesia akan bisa menerima.

Seperti pada kasus ajaran Siah yang kini cukup berkembang pesat di Indonesia, karena rakyat Indonesia bisa menerimanya walau mayoritas Islam di Indonesia menganut faham Suni.